據2009年《新編諸子集成續編叢書 出版者言》稱，「叢書原擬分兩輯出版，第一輯擬目三十多種，後經過調整，確定為四十種，今年將全部出齊。第二輯原來只有一個比較籠統的規劃，受各種因素限制，在實施過程中不斷發生變化，有的項目已經列入第一輯出版，因此我們後來不再使用第一輯的提法，而是統名之為新編諸子集成。」[2]
以下為該輯書目。「首版出版時間」指該書中華書局第一版出版時間。有些圖書首版出版於收入本集成前，後被中華書局收入本集成，但其首版仍為原首版出版時間，並列印於版權頁上，故下表相應註明「收入集成時間」。
編號
書名
作者
點校/整理者
首版出版時間
備註
收入集成時間
1
論語集釋
程樹德撰
程俊英 蔣見元點校
1990年
全4冊
2
孟子正義
焦循撰
沈文倬點校
1987年
全2冊
1991年
3
四書章句集注
朱熹撰
鍾哲點校
1983年
4
荀子集解
王先謙撰
沈嘯寰 王星賢點校
1988年
全2冊
5
墨子間詁
孫詒讓撰
孫以楷點校
1986年
全2冊
孫啟治點校
2001年
全2冊
6
墨子校注
吳毓江撰
孫啟治點校
1993年
7
墨辯發微
譚戒甫撰
1964年
1986年
8
墨子城守各篇簡注
岑仲勉撰
1958年
1986年
9
老子道德經注
王弼撰
樓宇烈校釋
2008年
10
老子校釋
朱謙之撰
1963年
1983年
11
帛書老子校注
高明撰
1996年
12
莊子集釋
郭慶藩撰
王孝魚點校
1961年
全4冊
1982年
13
莊子集解
王先謙撰
沈嘯寰點校
1987年
莊子集解內篇補正
劉武撰
沈嘯寰點校
14
列子集釋
楊伯峻撰
1979年
1985年
15
管子校注
黎翔鳳撰
梁運華整理
2004年
全3冊
16
管子輕重篇新詮
馬非百撰
1979年
全2冊
1986年
17
商君書錐指
蔣禮鴻撰
1986年
18
韓非子集解
王先慎撰
鍾哲點校
1998年
19
公孫龍子懸解
王琯撰
1992年
20
公孫龍子形名發微
譚戒甫撰
1963年
1986年
21
十一家注孫子校理
孫武 撰 曹操等 注楊丙安 校理
1999年
22
呂氏春秋集釋
許維遹撰
梁運華整理
2009年
23
晏子春秋集釋
吳則虞撰
1962年
全2冊
1982年
24
孫臏兵法校理
張震澤撰
1984年
1986年
25
新語校注
陸賈撰 王利器校注
1986年
26
新書校注
賈誼撰 閻振益 鍾夏 校注
2000年
27
淮南鴻烈集解
劉文典撰
馮逸 喬華 點校
1989年
全2冊
28
淮南子集釋
何寧撰
1998年
全3冊
29
鹽鐵論校注（定本）
王利器撰
1992年
全2冊
30
春秋繁露義證
蘇輿撰
鍾哲 點校
1992年
31
法言義疏
汪榮寶撰
陳仲夫 點校
1987年
全2冊
32
太玄集注
揚雄 撰 司馬光 集注
劉韶軍 點校
1998年
33
白虎通疏證
陳立撰
吳則虞 點校
1994年
全2冊
34
潛夫論箋校正
王符 撰 汪繼培 箋 彭鐸 校正
1985年
35
論衡校釋（附劉盼遂集解）
黃暉撰
1990年
全4冊
36
抱朴子內篇校釋（增訂本）
王明著
1980年
1985年
37
抱朴子外篇校箋
楊明照撰
1991年（上）1997年（下）
全2冊
38
顏氏家訓集解
王利器撰
1993年
39
文子疏義
王利器撰
2000年
40
劉子校釋
劉晝著傅亞庶 校釋
1998年